多式联运过程中的成本涉及直接运输成本、时间惩罚成本和基于绿色发展背景下的碳排放成本，以此建立运输总成本函数模型。结合运输实际，根据对运输、时间和碳排放的不同侧重要求，对以上三种成本设置不同权重值。采用精英保留策略的混合遗传算法进行模型求解，分别得出三种成本不同权重下的多式联运路径选择和成本构成情况。经分析比较，在综合均衡考虑运输成本、时间成本和碳排放成本时，路径优化更合理，多式联运总成本更低，为多式联运参与者在路线选择和各项成本的权衡方面提供参考。