目的：“异病同治”是中医经典治病法则之一，该研究旨在以“异病同治”理论为切入点，采用气相色谱-质谱联用技术（GC-MS）从血清代谢稳态角度阐释茱萸丸对肝内胆汁淤积（IC）和溃疡性结肠炎（UC）“异病同治”的效应机制。方法：分别以低剂量茱萸丸（0.6 g·kg~(-1)）和高剂量茱萸丸（1.2 g·kg-1）水煎液灌胃给药干预α-萘基异硫氰酸酯（ANIT）诱导的IC大鼠模型和2,4,6-三硝基苯磺酸（TNBS）诱导的UC大鼠模型。IC实验部分：将24只SD大鼠随机分为4组，分别为正常组、ANIT模型组、茱萸丸低剂量组、茱萸丸高剂量组；UC实验部分：将24只SD大鼠随机分为4组，分别为正常组、TNBS模型组、茱萸丸低剂量组、茱萸丸高剂量组。首先，通过大鼠血清生化指标丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天冬氨酸氨基转移酶（AST）、γ-谷氨酰转肽酶（γ-GT）、总胆汁酸（TBA）及结肠损伤评分、结肠重量指数、疾病活动指数和组织病理变化分别评价两种疾病模型及茱萸丸对2种疾病的干预效应。其次，利用气相色谱-质谱（GC-MS）仪对大鼠血清进行测序分析，筛选茱萸丸干预两种疾病的共同核心通路，并通过实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测通路中核心基因的表达情况，最终阐释茱萸丸对上述2种疾病模型“异病同治”的生物学机制。结果：IC实验部分，与正常组比较，ANIT模型组大鼠ALT、AST、γ-GT和TBA水平显著升高（P0.01）；与ANIT模型组比较，茱萸丸低剂量组ALT和TBA水平显著降低（P0.01），茱萸丸高剂量组ALT和TBA水平显著降低（P0.01）,AST和γ-GT水平显著降低（P0.01）。UC实验部分，与正常组比较，TNBS模型组大鼠结肠损伤评分、结肠重量指数、疾病活动指数显著升高（P0.01）；与TNBS模型组比较，茱萸丸低剂量组结肠重量指数显著降低（P0.01），疾病活动指数明显降低（P0.05），茱萸丸高剂量组结肠损伤评分、结肠重量指数、疾病活动指数显著降低（P0.01）。GC-MS代谢组学分析结合Real-time PCR结果显示，茱萸丸对上述2种疾病模型中精氨酸生物合成紊乱具有相似的反向调控作用。结论：茱萸丸对IC和UC均具有确切的治疗效应，对精氨酸生物合成通路的调控是茱萸丸对上述2种疾病“异病同治”的核心机制。