目的：基于转录组和代谢组联合分析挖掘灰毡毛忍冬中苯丙素类化合物生物合成途径关键基因，为进一步探究湘蕾型灰毡毛忍冬中苯丙素类化合物的合成调控机制提供基础。方法：选取湘蕾型灰毡毛忍冬茎、叶和3个花期花作为实验材料构建转录组和代谢组，通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库、加权共表达网络分析（WGCNA）对转录组和代谢组进行联合分析，挖掘灰毡毛忍冬苯丙素类物质生物合成途径关键基因。结果：该研究发现77个差异苯丙素类化合物和315个差异基因，通过转录代谢联合分析，最终挖掘出9个关键的差异代谢物和4个与其相关的关键基因，其中肉桂酸、5-O-咖啡酰莽草酸、芥子醇和绿原酸在花中较高，其中标志性有效成分绿原酸在枯萎期中含量急剧下降，咖啡酸、阿魏酸、5-羟基松柏醛、对羟基肉桂醇和紫丁香苷在叶中含量较高，这4个关键基因分别属于肉桂醇脱氢酶（CAD）家族、4-香豆酸：辅酶A(4CL)家族、羟基肉桂酰基转移酶（HCT）家族和L-苯丙氨酸解氨酶（PAL）家族基因。结论：灰毡毛忍冬中挖掘出的4个关键基因中TRINITY＿DN42767＿c0＿g6与对羟基肉桂醇、芥子醇的合成相关，TRINITY＿DN43525＿c4＿g1以咖啡酸、阿魏酸、肉桂酸为底物催化下一步反应，TRINITY＿DN47958＿c3＿g4与3-对香豆酰基奎宁酸和咖啡酰辅酶A的合成相关，TRINITY＿DN52595＿c1＿g2与肉桂酸的合成相关。该发现为进一步探究湘蕾型灰毡毛忍冬中苯丙素类化合物的合成调控机制提供基础。