PKMYT1在胶质瘤中的表达与预后、药物敏感性及免疫浸润分析
目的:通过生物信息学分析膜相关酪氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(PKMYT1)在胶质瘤中的表达与预后价值、生物学功能、药物敏感性、基因突变及免疫浸润的关联性。方法:基于中国胶质瘤基因组图谱数据库(CGGA)和癌症基因组图谱数据库(TCGA)分析PKMYT1的差异表达情况。通过基因本体论分析(GO)和基因集富集分析(GSEA)预测PKMYT1可能富集的通路。将PKMYT1与细胞周期相关基因和基因集进行Pearson相关性和基因集变异分析(GSVA)。进一步对PKMYT1高低表达组在胶质瘤患者进行生存预后、基因突变、药物敏感性及免疫浸润分析。结果:PKMYT1在WHO高级别胶质瘤(P 0.000 1)、异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型胶质瘤(P0.05)和胶质母细胞瘤(P0.000 1)中显著高表达。PKMYT1低表达组患者的生存率(OS)显著高于高表达组(P 0.000 1)。Cox回归分析结果显示PKMYT1表达水平是OS的独立预后因素(P 0.05)。GO和GSEA分析结果表明,与PKMYT1共表达的基因集主要富集在细胞周期、DNA复制和DNA损伤修复等信号通路上。Pearson相关性和GSVA分析结果显示,PKMYT1的表达与细胞周期相关基因、基因集及细胞周期检查点基因呈显著正相关(P0.01)。药物敏感性分析发现,奥西替尼、达拉非尼、卡莫司汀和西地尼布对PKMYT1高表达组患者具有较高敏感性 (P 0.05)。突变分析发现IDH1基因在PKMYT1低表达组中具有更高的突变频率。免疫浸润分析结果表明,PKMYT1的表达与胶质瘤基质评分(r = 0.13,P < 0.001)、免疫评分(r = 0.11,P < 0.01)和ESTIMATE评分(r = 0.13,P < 0.001)显著正相关;且与调节性T细胞(Treg细胞)和M2型巨噬细胞的免疫细胞浸润水平显著正相关(P 0.05)。结论:PKMYT1高表达的患者预后较差,其机制可能与肿瘤免疫浸润和细胞周期调控有关。PKMYT1有望成为胶质瘤诊断和治疗的潜在靶点。
中国肿瘤生物治疗杂志
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