为了探究西藏高海拔地区藏羊隐孢子虫感染的流行情况，本研究从西藏自治区日喀则市岗巴县的集约化养殖场收集了藏羊粪便样品共420份，使用巢式PCR方法对隐孢子虫SSU rRNA基因进行扩增；利用gp60基因对隐孢子虫阳性样本进行亚型鉴定。结果显示，所检地区藏羊隐孢子虫的总感染率为9.0%(38/420)。SSU rRNA基因分析显示，藏羊感染的隐孢子虫虫种为肖氏隐孢子虫和泛在隐孢子虫。差异分析表明，隐孢子虫感染率在不同年龄和性别间表现出统计学上的显著差异（P0.05）。gp60基因分析显示，22份肖氏隐孢子虫样品成功扩增18份，存在4个亚型家族，分别是ⅩⅩⅢh(n=8)、ⅩⅩⅢl(n=6)、ⅩⅩⅢe(n=2)和ⅩⅩⅢd(n=2)；而所有泛在隐孢子虫样本均被鉴定为Ⅻa型（n=16）。由于Ⅻa亚型能够感染人类及多种动物，这表明该地区藏羊携带的隐孢子虫可能存在人兽共患的潜在风险，该地区应采取有效的防控措施。