中药发挥其临床功效必然有其物质基础， 这些功效物质不仅是中药发挥药理活性的基石， 亦是创新药物研发的重要源泉。但长期以来， 中药效应物质的作用靶标不明、互作模式和药理机制不清， 严重阻碍了中药的临床精准应用和国际化进程。近年来， 随着生物质谱技术的不断革新， 以质谱技术为核心的化学生物学和生命组学等前沿技术蓬勃发展， 极大地助力了中药效应物质的作用靶标鉴定和药理机制解析。本文将围绕中药效应物质靶标鉴定以及小分子-靶蛋白互作模式表征领域的国内外新近研究进展， 着重阐述了基于生物质谱技术的小分子标记与非标记靶标发现两大策略的基本原理， 并对其技术要点和应用领域等进行了细致分析。此外， 本文还重点介绍了近年来国内外学者如何借助生物质谱技术和多种前沿技术， 在中药效应物质-靶蛋白互作模式表征方面的研究进展。相关研究策略、方法学和应用案例有望为中药效应物质的靶标发现和药理机制的深度解析等提供系列解决方案和研究示范。