以滇中高原湖泊流域为研究对象，分析了2000—2020年的景观要素变化特征，在此基础上对景观格局指数进行分析，通过构建景观生态风险评价模型及空间自相关模型分析景观生态风险的时空分布特征。结果表明：2000—2020年，耕地和林地始终是滇中高原湖泊流域的基质景观，面积最小的景观始终为未利用地。研究期内，滇中高原湖泊流域景观生态风险有所改善，低风险区面积增加，中高风险区面积减少。2000—2020年，除分维度指数外，研究区内未利用地的各景观格局指数均为最高。总体上看，草地破碎度和损失度较高并呈上升趋势，建设用地的分离度和干扰度较高并呈下降趋势，水域的分维度与其余景观类型的分维度差距较大。由全局空间自相关分析可知，近20 a来，流域景观生态风险指数在空间分布上呈现正相关且空间聚集性在上升；由局部空间自相关分析可知，研究期内，“高–高”聚类主要分布在五华区、西山区、官渡区和盘龙区的交界处和呈贡区与澄江市的交界处，“低–低”聚类区域主要分布在湖泊及其周围和植被生长茂密的地区。本研究可为滇中高原湖泊流域的生态整治起积极作用，也可为区域生态保护和可持续发展提供有力支撑。