绿孔雀肠道菌群基因组特征和耐药性的宏基因组测序分析
为明确绿孔雀肠道菌群耐药基因及可移动元件的分布特征,对云南野生动物园,开放式饲养的健康绿孔雀粪便采样,提取其DNA后进行宏基因组测序。使用NCBI-nr数据库进行物种注释及相对丰度计算,得出绿孔雀肠道菌群物种分布特征;通过功能注释及聚类分析,得出耐药基因的类型及分布特征。使用BLAST程序搜寻样本中的可移动耐药基因,并与不同的地域、宿主和体位的细菌基因组进行对比,分析其差异及近期水平转移频率;同时,对每个可移动抗生素耐药基因(ARGs)的侧翼区进行搜索分析,以便找出关联ARGs的可移动元件(MGEs)。结果表明:绿孔雀肠道菌群物种具有较强的偏向性,以普雷沃氏菌为优势菌种,拟杆菌门为优势菌门。菌群携带的可移动耐药基因以ant(6)-Ia、erm(B)和tet(W/32/O)为主,样本中aph(3'')-Ib基因丰度较低,但水平转移频率较高,因其侧翼区富集大量MGEs。样本中耐药基因的获得主要依靠IS5转座子的协助,耐药基因分布具有偏向性,主要集中在变形菌门和厚壁菌门,种水平上为猪链球菌和大肠杆菌,其携带较多耐药基因且可移动性较强;耐药基因的水平转移易受抗生素使用策略、耐药基因种类、生态环境和宿主系统发育遗传因素的影响。针对云南野生动物园绿孔雀,临床中需加强对氨基糖苷类耐药基因监测,避免使用该类抗生素,同时警惕猪链球菌和大肠杆菌感染。
西南林业大学学报(自然科学)
2024年05期
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