【目的】研究有机肥和微生物菌剂对烟草根际细菌群落结构的影响，挖掘关键响应菌群，探索烟草根际细菌对不同肥料施加的动态响应机制。【方法】聚焦烟草根际细菌对化学肥料、有机肥料和植物促生微生物(PGPMs)处理下的反应机制。通过Illumina MiSeq高通量测序技术对不同肥料处理下烟草根际细菌16S rRNA基因V3～V4区测序并对操作分类单位(OTU)进行聚类，分析处理间细菌菌群多样性特征，通过机器学习算法建立模型，将根际菌群与施肥处理相关联，同时建立细菌共现网络，解析施肥响应的关键调控菌群。【结果】与化学肥料相比，施用有机肥和微生物菌剂显著增加烟草根际细菌丰度，但降低了细菌分布的均匀性。基于模型挖掘到15个与施肥关联的指示性细菌类群，其中泛菌属(Pantoea)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)细菌为微生物菌剂处理下特定菌群结构的指示性细菌。另外，从化肥、有机肥到微生物菌剂处理，根际细菌共现网络结构从松散状态转变为紧密且复杂调控状态，微生物菌剂作用下优势菌群调控增强，与周围菌群联系紧密。【结论】有机肥和微生物菌剂显著改变烟草根际细菌群落结构及根际细菌响应网络，其中泛菌属和寡养单胞菌属等微生物菌剂处理下的指示性细菌具有进一步纯化培养和商业开发价值。