【目的】筛选蓝莓花粉败育相关基因，为其克隆、蓝莓花粉败育研究和育种提供参考依据。【方法】用Illumina NovaSeq 6000对来源于相同母本且花粉活力有显著差异的‘灿烂(BT)’‘杰兔(PM)’和‘粉蓝(PB)’3个兔眼蓝莓品种花粉的转录组进行测序，基于差异表达基因的基因本体数据库(GO)、Pathway显著性富集(KEGG)和蛋白家族数据库(Pfam)分析，筛选参与蓝莓花粉败育的相关基因。【结果】‘杰兔’花粉活力显著低于‘灿烂’和‘粉蓝’,‘灿烂’vs‘杰兔’与‘粉蓝’vs‘杰兔’2个对比组合分别筛选到2717和3208个差异表达基因。‘灿烂’vs‘杰兔’对比组合的2717个差异表达基因在GO、KEGG和Pfam数据库中分别已注释1124、1020和1791个。‘粉蓝’vs‘杰兔’对比组合的3208个差异表达基因在GO、KEGG和Pfam数据库中分别已注释1350、1144和2197个。对差异表达基因的GO和Pfam注释结果进一步筛选，获得与花粉败育相关的差异表达基因27个，其中，22个上调表达，5个下调表达。【结论】经GO和Pfam注释，花粉败育相关差异表达基因功能主要集中在花粉发育、花穗发育、孢粉素生物合成过程、花粉外壁形成、花药壁绒毡层细胞分化、细胞分裂素的正向调节、有丝分裂纺锤体组织调节和油菜素内酯介导信号途径等通路，可作为深入探索蓝莓花粉败育机制及筛选蓝莓花粉败育关键基因的参考依据。