[目的]探究黄芩渣有机肥对马铃薯连作土壤基础特性和微生物群落多样性与功能的影响，可为黄芩渣资源化利用和连作马铃薯土壤改良提供理论参考。[方法]以大宗药材黄芩渣和羊粪（质量比为1∶3）为基料，分别添加3%、5%和10%功能菌剂后通过发酵制备得到3种有机肥体系（T1、T2、T3），有机肥施入土壤后相应处理分别为F1、F2、F3。结合田间原位控制试验，解析3种黄芩渣有机肥体系对连作马铃薯农田土壤化学特性、细菌多样性和功能的影响。[结果] 1）与对照组相比，F1～F3处理均能显著提高成熟期土壤速效磷（AP）、速效钾（AK）质量分数，分别提高8.12～12.00、65.63～88.36 mg/kg。（2）F1和F2处理均提高马铃薯薯表土细菌菌群总数量，提高幅度分别为60.96%和23.19%，且富集鞘氨醇单胞菌属、假黄色单胞菌属和黄杆菌属等有益菌属。（3）LEfSe分析结果显示，施入黄芩渣有机肥后抑制土壤中果胶杆菌属等致病细菌的绝对丰度，富集更多绝对丰度显著高的促进土壤元素循环的有益细菌群落。（4）F1～F3处理均能改变土壤细菌介导的碳氮循环功能，提高土壤菌群对有机质的分解潜力和土壤氮素有效性。[结论]施用黄芩渣有机肥能够提高土壤速效磷钾养分质量分数、有益菌属丰度和细菌功能活性，T1处理为最佳有机肥体系。