为了解引黄济青工程渠首段调水期真核浮游生物群落构建过程及多样性变化，探究环境因子对其影响，采用18S rRNA基因高通量测序技术分析真核浮游生物多样性指数与群落结构，采用冗余分析探讨真核浮游生物群落分布特征与环境因子的关系，揭示真核浮游生物相互作用与群落构建过程。结果表明：引黄济青工程渠首段真核浮游生物群落结构在不同点位和月份存在差异，黄河水真核浮游生物群落丰富度、多样性和均匀度高于南水北调东线长江水，汇水后真核浮游生物群落多样性和均匀度升高，丰富度降低；真核浮游生物优势物种为SAR超类群、隐藻门、绿藻门、隐真菌门和节肢动物门；影响真核浮游生物群落的主要环境因子为水温、溶解氧、pH和铵氮；共现网络结果显示，真核浮游生物群落以合作互利关系为主，1月、4月和6月主要受随机性过程影响，5月主要受确定性过程影响。