流域生态环境是国家安全屏障和区域可持续发展的重要组成，其治理效能需通过制度创新实现系统性提升。论文基于制度嵌入性控制视角，以赤水河为例，通过实地考察和面对面访谈，深入分析了流域生态环境治理的现实情况与面临困境，结果表明：正式制度与非正式制度的深度耦合，可以使生态环境治理既能体现法律政策的刚性约束，又能融入文化伦理的柔性引导；赤水河流域通过实施生态补偿、开展执法督导、改善环境质量等实践探索，有效促进了地区可持续发展，这对长江乃至全国其他流域的生态环境治理工作具有重要借鉴价值。基于现有制度的短板，提出了区域协作立法、环境信息公开和生态环境修复等正式制度，以及公众参与治理、生态文化体验和村规民约规范等非正式制度嵌入流域生态环境治理的优化路径，为探索区域生态文明建设提供新的分析框架。