我国已进入全面建设社会主义现代化国家的新发展阶段，实现高水平科技自立自强的内在需求日益凸显，不断重塑区域创新格局。基于省级面板数据，采用系统GMM估计方法，从规模与结构双维空间相对差异视角切入，探究研发投入强度与结构变化对区域创新绩效的动态影响，进而把握创新格局演进的内在机理。结果发现：研发投入强度、结构变化对区域创新绩效存在显著影响；分区域看，研发投入强度、结构变化对东部、西部创新绩效的影响显著不同于其对中部的影响。因此，不同类型区域应全面认识研发投入强度及其结构的动态演化产生的异质性影响，提升区域科技政策的精准性、靶向发力。