从独立科技自主创新权的视角阐述国家科技自主创新速度优于企业科技自主创新速度；国家把科技自主创新权委托给企业，企业以最小投资和最快速度（国家科技自主创新速度）获取最大化预期收益，阐明国家科技自主创新委托—代理是有效性；国家科技自主创新内生包含着国家科技自主创新监督，从国家科技自主创新监督的视角阐明国家科技自主创新权的委托—代理的最优配置。国家科技自主创新委托—代理是实现高水平科技自主创新的自立自强和提升科技自主创新能力的必由之路，对解决我国科技自主创新的质量和效率较低的问题与建设世界科技强国具有重要意义。