灵活接地系统采用的零序过电流保护存在耐过渡电阻能力低的问题，并且现有的选线方法对互感器精度要求较高，也未考虑电网参数不平衡对判据的影响，存在保护误判的风险。针对上述问题，首先在计及电网参数不平衡条件下，探究了并联小电阻投入前后各电气信号变化量与线路对地参数、不平衡电流的关系。研究发现健全线路零序电流变化量与零序电压变化量之比等于该线路对地导纳，故障线路的零序电流变化量与零序电压变化量之比则为线路对地导纳与接地导纳的总和。在此基础上，提出了一种适用于灵活接地系统单相高阻接地故障的选线方法。该方法不受电网参数不平衡与零序CT极性反接影响，能够有效降低保护对互感器精度的要求。此外，该方法还可利用故障信息实现电网参数不平衡条件下对过渡电阻及单条线路对地导纳的测量。最后，在搭建的仿真电路中验证了所述方法的正确性和有效性。