基于铜死亡相关长链非编码RNA的结直肠癌预后模型构建及分析
目的 基于铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)构建结直肠癌预后风险评分模型,评估病人预后,为结直肠癌病人的治疗提供新靶点。方法 2022年10月至2023年1月,从TCGA数据库中下载结直肠癌RNA的测序数据及临床信息,通过Pearson相关性计算筛选出铜相关的lncRNA并使用“ConsensusClusterPlus”包进行无监督共识聚类,识别铜死亡lncRNA的潜在亚型,对亚型间的差异lncRNA进行单因素Cox和LASSO回归筛选预后相关的lncRNA构建风险评分,根据风险评分的中位数,将病人划分为高、低风险两组,进行生存差异分析;通过绘制Kaplan-Meier曲线、受试者操作特征曲线(ROC曲线)、生存状态图等评估模型的预测能力,并在GEO数据集上进行验证。最终对高低风险组差异基因进行功能富集。结果 共筛选出2 508个铜死亡相关基因,通过无监督聚类识别了铜死亡相关lncRNA的潜在亚型,两亚组之间存在生存差异;根据亚组间的差异基因与GEO数据集的基因取交集,共得到122个铜死亡相关lncRNA,通过单因素Cox分析、LASSO回归筛选出6个预后相关的lncRNA构建预后风险评分模型。通过log-rank检验发现高低风险两组存在明显的生存差异。TCGA数据集1、3、5年的ROC曲线曲线下面积(AUC)分别为0.63(0.54,0.72)、0.67(0.59,0.74)、0.69(0.57,0.77),GEO数据集1、3、5年的ROC曲线AUC分别为0.66(0.56,0.76)、0.66(0.59,0.76)、0.68(0.60,0.78);联合临床信息多因素Cox结果显示,预后风险评分可以作为较好的独立预后因子。结论 该研究构建了包含RPARP-AS1、CDK5R2、ZEB1-AS1、LINC01138、ZNF674-AS1、ALMS1-IT1、LINC01410等6种铜死亡相关的lncRNA的风险特征,可作为结直肠癌潜在的分子生物标志物和治疗靶点。此外,联合风险特征与临床信息构建的Cox回归预测模型将在临床工作中辅助判断结直肠癌病人的预后,帮助病人制定个体化治疗策略。
安徽医药
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